Standardowo modele z czytnikami kartami Unique i Mifare umożliwiają tą samą funkcjonalność. Działają na zasadzie odczytania z karty unikalnego numeru, na podstawie którego identyfikowany jest pracownik. Obsługa kart w tej konfiguracji jest prosta. Wystarczy w programie R2płatnikPRO w aktualnym zatrudnieniu wpisać numer karty, poczekać, aż moduł integrujący R2czytnik uaktualni ten numer w czytniku (czytnikach) i już pracownik może się rejestrować za pomocą tej karty. Dodatkowo już w samym czytniku (czytnikach) możemy zapisać obraz odcisku palca pracownika, który również może służyć do rejetracji we/wy.
W niektórych modelach z czytnikami Mifare istnieje możliwość zmiany funkcjonalności kart. Chodzi o wykorzystanie obszaru pamięci karty Mifare, gdzie można zapisać dodatkowe informacje, w tym odcisk palca pracownika. Odcisk palca nie musi być wtedy zapamiętany w czytniku (czytnikach), wystarczy przy wykorzystaniu jednego czytnika zapisać go na karcie. Niedogodnością takiego rozwiązania jest to, że każda nowa karta musi zostać zarejestrowana na czytniku, nawet jak nie będzie służyła do przechowywania odcisku palca. Tak więc nawet w przypadku rejestracji zdarzeń tylko przy pomocy karty, nie wystarczy wpisanie jej numeru w programie R2płatnikPRO. Po uaktualnieniu numeru karty w czytniku przez moduł integrujący R2czytnik, należy dodatkowo zarejestrować taką kartę bezpośrednio na czytniku i ewentualnie zapisać na niej odcisk palca pracownika.
UWAGA. Zmiana funkcjonalności wymaga wgrania innych wewnętrzych opcji konfiguracyjnych czytnika i może być wykonana tylko na szczególne życzenie klienta.
Rozszerzone funkcje zarządzania kartami Mifare wchodzą w skład zarządzania użytkownikami i mogą być opcjonalnie dostępne z poziomu menu czytnika 
- Zarz.użyt. - Zarz.kar.:
Rejestruj kartę ID - zapisanie na karcie informacji o czytniku, na którym odbyła się rejestracja, tylko zarejestrowane karty będą widoczne przez czytnik
Rejestruj kartę OP - zapisanie na karcie informacji o czytniku oraz odcisku palca pracownika, jeśli odcisk został już zapisany w czytniku to zostanie on automatycznie przepisany na kartę, jeśli nie to czytnik poprosi o przyłożenie palca i po przepisaniu na kartę dodatkowo zapyta, czy odcisk zapisać również w czytniku (Zarejestrowano poprawnie. Zapisać?), odpowiedź OK dodatkowo zapisze odcisk palca w czytniku przy pracowniku, odpowiedź Anuluj spowoduje, że odcisk palca pozostanie zapisany tylko na karcie Mifare
Usuń kartę - usunięcie z karty wszystkich zapisanych na niej informacji
Kopiuj kartę - przepisanie informacji z karty do czytnika, m.in.odcisku palca
Ustaw.kart - ważne ustawienia konfiguracyjne:
PIN kart - klucz zapisywania i odczytywania danych na karcie Mifare, fabrycznie ustawiony jako: 255 255 255 255 255 255 (18 cyfr podzielonych na 6 bloków), dane z karty można odczytać tylko przy ustawionym takim kluczu, przy jakim była zapisywana
Uwaga 1. Ponowna rejestracja karty jest możliwa tylko przy takim samym kluczu lub gdy był ustawiony fabryczny klucz podczas pierwotnej rejestracji.
Uwaga 2. Jeśli zmienimy klucz po zarejestrowaniu karty to nie będzie można jej już ani odczytać, ani zarejestrować ponownie. Jeśli chcemy zmienić klucz to najpierw należy wszytkie zarejestrowane karty wyczyścić, następnie zmienić klucz i wtedy zarejestrować ponownie.Zapisać - kiedy karta będzie czytana na tym czytniku - T: jeśli została na nim zarejestrowana, N: jeśli została zarejestrowana na dowolnym czytniku z takim samym kodem PIN kart
Uwaga. W przypadku wykorzystania kilku czytników, jeśli chcemy, żeby pracownik mógł się rejestrować na dowolnym z nich - to na wszystkich musimy wpisać taki sam PIN kart (lub pozostawić fabryczny) i opcję Zapisać ustawić na N.
UWAGA. Prawidłowe rozpoznawanie odcisków palców zapisanych na kartach Mifare wymaga pracy na algorytnie Wer.algor.: Finger VX9.0, który należy przestawić w opcjach systemowych czytnika (we wszystkich czytnikach) przed rozpoczęciem rejestracji odcisków palców.